La Dirección General de Auditorías Operacionales, que incluye a las Auditorías de Desempeño, las Auditorías de Sistemas y las Auditorías Ambientales, es el resultado de una iniciativa de fortalecimiento institucional. Esta iniciativa se gestó durante tres años: comenzó con la elaboración de un marco conceptual, la incorporación de nuevas capacidades, desarrollo de guías metodológicas y la conformación de un equipo ad hoc de personas del Honorable Tribunal de Cuentas que, con el acompañamiento de expertos en un esquema de coaching, llevaron a cabo pruebas piloto.

Este proyecto se desarrolló en el marco de Proyectos de Fortalecimiento Institucional, financiado por el Banco Mundial y el Banco Interamericano de Desarrollo. Una vez logrado el expertise y madurez del proyecto, se institucionalizó, creando la Dirección anteriormente citada.