El proceso da comienzo tempranamente, incluso antes del inicio del ejercicio anual que se someterá a estudio. El Auditor planifica, con base a criterios técnicos, cómo habrán de desarrollarse sus actividades. En esta instancia, se cuenta con el conocimiento acumulado a lo largo de los años de las características del ente sujeto a control, incorporándose todas las variables contextuales que se evalúan relevantes, obteniéndose como resultado, por aplicación de criterios de materialidad, confiabilidad del control interno y evaluación de riesgos, el Programa de Auditoría a aplicar durante el año.

En la segunda fase, ya durante el ejercicio objetivo, la tarea consiste en aplicar técnicas de auditoría destinadas a la obtención de evidencias que describan adecuadamente los procedimientos aplicados por el administrador en el ejercicio de sus funciones y que posibiliten concluir el examen, la formación de una opinión al respecto. El período mencionado anteriormente resulta de intenso intercambio de información, visiones y opiniones entre el controlado y el controlante, extendiendo el tiempo, fluctuante y adaptativo a las distintas realidades que cada Administración evidencia.

La etapa siguiente consiste esencialmente en sintetizar y sistematizar las evidencias obtenidas, concluyendo con la elaboración del Informe que cierra el proceso de Auditoría de la Cuenta: el Dictamen Final.

En las Vocalías Municipalidades A y B, el segmento de Auditoría de la Cuenta se desarrolla casi íntegramente en las Delegaciones Zonales, en cambio en las Vocalías de Administración Central y Reparticiones Autárquicas y Entes Especiales el desarrollo es parcial, parte en Delegaciones y parte en Sede Central.