Las auditorías de desempeño, ambientales y de sistemas incorporan un enfoque de control distinto pero complementario a la auditoría de la cuenta, que permite al HTC llevar a cabo el contralor integral de la acción pública en los aspectos de legalidad normativa, contable y de desempeño de la gestión, propiciando que la administración gubernamental satisfaga de la mejor manera las necesidades de la ciudadanía, destinataria última de toda gestión de gobierno.